Japão, no período Edo, Kamui é um ninja que deve utilizar as suas habilidades para ferir e matar as outras pessoas. Porém, quando começa a crescer nele o desprezo por esse fatal codigo de conduta, ele se torna um ninja fugitivo em busca da verdadeira liberdade. Caçado por traição pelos demais ninjas do seu clã, Kamui salva a vida de Hanbei, um pescador, que lhe oferece abrigo em sua residência como retribuição. Lá ele Oshika, esposa de Hanbei e uma ninja fugitiva e Sayaka, a filha do pescador. Porém, ao cair em uma armadilha, Hanbei, Sayaka e Oshika são assassinados e a raiva e a tristeza toma conta do seu ser, fazendo com que ele parta em busca de vingança.